El Templo de San Diego de Alcalá fue parte del conjunto conventual de San Pedro de Alcántara, fundado en 1663 por religiosos reformados o descalzos de la provincia de San Diego de México.
El primer convento se terminó para 1694 y poseía además del sencillo claustro, la iglesia mayor y poco tiempo después la importante capilla de la Tercera Orden.
El convento llegó a albergar a veinticinco frailes o más, quedó terminado a la orilla de la entonces villa, en los terrenos que hoy ocupan el Hotel San Diego, el Templo de San Diego, el Teatro Juárez y la mayor parte del Jardín Unión. Todo esto quedaba al nivel de la calle Subterránea.
Debido a dos inundaciones, la del 5 de julio de 1760 y la del 27 de julio de 1780, el Ayuntamiento se dirigió al Virrey para sepultar los escombros y elevar el piso siete u ocho varas sobre su antiguo nivel.
Se construyó el templo y el convento el 27 de junio de 1784.
En la inauguración hubo gran regocijo por parte de toda la población, siendo solemnísimos los actos religiosos, predicando por el padre Fr. Miguel Martínez.
El 19 de 1861 por acuerdo de la jefatura policiaca se ordenó formar una plaza entre la Casa de Moneda y San Diego de Alcántara. Se suspendieron las obras por unos días, debido a las protestas de los ciudadanos, sin embargo se continuó derribando el templo y la parte del convento para construir en su lugar la plaza llamada Constancia y el Hotel Emporio.
El templo principal logró salvarse de la demolición del siglo XIX.