Con la representación de seis equipos, la escuela de futbol Comude San Francisco filial León, participó en la Tercera Copa León 2016, en la ciudad de León.
Las categorías que compitieron fueron 2010-2011; 2006-2007; 2004-2005; 2002-2003; 2000-2001 y categoría femenil.
En este torneo hubo una participación de 70 escuelas filiales de diferentes partes del país como Ciudad Juárez, Chihuahua; Cancún, Quintana Roo; Ciudad Victoria, Tampaulipas; Distrito Federal, Veracruz, entre otras, y algunas del extranjero en las categorías 1998 hasta 2010-2011 varonil y sub 18 femenil.
De este torneo cuarto de los equipos locales Comude San Francisco León llegaron a la etapa de liguilla y en la categoría 2000-2001 varonil y femenil pisaron tierra de semifinales, perdiendo por la mínima diferencia en trepidantes e inolvidables encuentros que para los jugadores fue una experiencia que se les quedó grabada en su mente.
Pisar el empastado del Nou Camp en la ceremonia de inauguración, sentirse aclamados y vitoreados por los padres de familia que asistieron y tomarse la foto con los futbolistas del primer equipo del Club León, cuerpo técnico y directiva, hizo que valiera la pena el esfuerzo de los jugadores.
El director de Comude San Francisco, Víctor Morales Quiroz, agradeció el apoyo del ingeniero Ysmael López García por su apoyo a la institución, a patrocinadores y padres de familia, así como el reconocimiento por la entrega de los participantes, esta experiencia les hizo reiterar el compromiso de redoblar esfuerzos y superar lo hasta ahora hecho en la siguiente edición 2017.